Résumé

Depuis 2003, un réseau international a en charge de gérer et développer des ressources génétiques et génomiques concernant les pucerons. Le but est de fournir aux entomologistes des données sur les génomes, transcrits, protéines, cartes génétiques, marqueurs moléculaires (et toute autre donnée) pour l' étude de la biologie aphidienne.
Dans un premier temps, la communauté a concentré ses efforts sur une espèce modèle, le puceron du pois Acyrthosiphon pisum, pour lequel plus de 60000 EST (expressed sequence tags) sont disponibles, et dont le génome complet est en cours de séquençage et d'assemblage (septembre 2006), par le National Human Genome Research Institute et le Baylor College of Medicine (Houston, TX, USA).
AphidBase est un projet du consortium international pour la génomique du puceron (IAGC) et se veut un outil grâce auquel l' utilisateur pourra chercher, comparer et analyser non seulement des séquences de gènes, mais aussi des transcrits, des données d'expression, des cartes génétiques ou des caractéristiques phénotypiques.

Le site a donc été développé et permet actuellement :
--> de visualiser :
- les séquences consensus de A. pisum (contigs) obtenues par l'assemblage de 60000 EST,
- leur alignement sur le génome de l'espèce modèle Drosophila melanogaster,
- leur alignement sur les séquences codantes du moustique Anopheles gambiae,

--> de caractériser les fonctions putatives des séquences de A. pisum en tirant profit de la connaissance sur les gènes de D. melanogaster (FlyBase) et de l'abondante bibliographie sur cette espèce

--> de faire de alignements par BLAST sur les différents génomes présents sur AphidBase.

Les données présentes sont stockées dans des bases de données relationnelles (postgresql) selon le modèle générique utilisé par FlyBase (GMOD).
AphidBase hébergera le génome du puceron du pois (530Mb) ainsi que différents types de données, comme les profils d'expression, les cartes génétiques et physiques et les polymorphysmes de séquences....

 

Copyright © INRA, 2006 (tous droits réservés)
dernière mise à jour : Septembre 2006

Institut National de la Recherche Agronomique
Centre de Recherches de Rennes
B.P. 35327 -Domaine de la Motte
35653 Le Rheu cedex

Tél : (33) (0)2 23 48 51 00
Fax : (33) (0)2 23 48 52 50

Directeur de la Publication : Directeur de l'UMR BiO3P.
Administration du site : Jean-Pierre Gauthier (aphidbase@rennes.inra.fr)
Graphisme : Christine Soster .